Su 2018 en Colombia ha sido una pesadilla. Jonatan Álvez dejó Barcelona Sporting Club por 3,5 millones de dólares para fichar por Junior de Barranquilla.

Pocos minutos en cancha, solo dos goles en el torneo local y de pasó falló un penal en la Copa Libertadores en un partido que perdió su equipo ante Palmeiras.

La prensa colombiana ha cuestionado mucho el poco protagonismo que tiene el Loco Álvez, quien llegó como gran refuerzo del Junior para esta temporada, en la que el club tenía como meta llegar lejos en el torneo internacional. Además sus hinchas se ilusionaron, pensando que Jonatan sería un gran aporte como lo fue para Barcelona, en la Libertadores del 2017, en la que marcó 6 goles.

Esto indica Diario El Tiempo de Bogotá:

Refuerzos: nada de nada
A Junior llegaron este semestre dos nombres que parecían prometer mucho: el uruguayo Jonathan Álvez, uno de los goleadores de la Copa Libertadores el año pasado (hizo 6 con Barcelona de Ecuador), y el peruano Alberto Rodríguez, que está en la lista preliminar de su país para el Mundial. El primero se quedó con la pólvora mojada y el segundo vivió de lesión en lesión hasta que Comesaña, en una rueda de prensa, dijo que no lo iba a poner en los partidos claves del semestre. Fracaso en las contrataciones.
No es la primera vez que el uruguayo recibe críticas, ya lo han señalado antes como un fracaso en las filas de Junior. Incluso en su momento se mencionó que podía regresar a mediados de año a Barcelona.