Sebastián Pérez es un futbolista colombiano oriundo de Antioquia que realizó su debut profesional como jugador en el Atlético Nacional de Medellín.

Santiago Escobar, actual DT de la Universidad Católica fue quien lo invitó a entrenar con el primer equipo, luego de cumplir todas las categorías inferiores con el conjunto verdolaga.

Sale campeón con el Nacional en 2011 y se convierte en el colombiano más joven (18 años) en coronarse en el fútbol colombiano.

Luego de una gran participación en la Copa del Mundo sub 20 de Turquía 2013, donde fue uno de los referentes junto con Juan Fernando Quintero y alcanzaron los octavos de final, lo que despertó el interés del Arsenal de Arsene Wegner. 

Estuvo a nada de ser fichado por los gunners, pero por reglamento de la Premier League, no cumplía con todos los requisitos para ser habilitado por el conjunto londinense. 

Regresa a Atlético Nacional y quedó campeón nuevamente en el 2013. Para el siguiente año realizarían una campaña excelente en Copa Sudamericana, donde alcanzarían la final y serían derrotados por el River Plate de Marcelo Gallardo. 

Para el 2015 disputó la mayoría de partidos como titular de la liga y la Copa Libertadores, siendo eliminado por el Club Sport Emelec en los octavos de final.

Tendría su revancha en la Libertadores 2016, donde fueron candidatos desde la fase de grupos, de la mano de Reinaldo Rueda disputaron la final frente a Independiente del Valle que venía de eliminar a Boca y River (campeón vigente) y vencieron al conjunto ecuatoriano con un global de 2-1.

No quiso disputar el mundial de clubes, debido a una oferta de un grande como Boca Jrs. y firmó por tres millones de dolares. Ahí empezaría su calvario luego de un gran debut, el 1 de abril del 2017, ante Defensa y Justicia, se rompió los ligamentos cruzados y fue baja por 9 meses. 

Se recuperó pero nunca volvió a encontrar un espacio en el equipo xeneixe, por lo que el alto número de foráneos y al no contar con el visto bueno de Guillermo Barros Schelotto, fue transferido a préstamo al Pachuca mexicano. Con el cuadro bostero disputó 24 partidos en dos años.

En suelo mexicano, tan solo jugó 34 minutos en la victoria de los ‘tuzos’ 3-0 sobre Cafetaleros de Tapachula en la Copa MX.

Con la selección Colombia, disputó como titular la Copa América 2016 y las eliminatorias a Rusia 2018, donde no fue citado debido a la lesión que lo marginó. 

Tiene 10 titulos con el Atlético Nacional que lo convierten en uno de los más ganadores de la historia del club, se distribuyen de la siguiente manera:

  • Torneo Apertura (3)
  • Torneo Finalización (2)
  • Superliga de Colombia (2)
  • Copa Libertadores (1)
  • Copa Colombia (2)

Con Boca Jrs. fue bicampeón de la Super Liga Argentina.